Einstmals wurde die Wehrburg, ähnlich wie die Mayenburg in Völlan, als Verwaltungssitz von den Grafen von Eppan der Ultner Linie erbaut. Neben der Nutzung als Verwaltungssitz diente der Ansitz Schloss Wehrburg der Überwachung der Verkehrsverbindung ausgehend vom Etschtal über den Gampenpass bis ins Nonstal. Diese Verkehrsroute führte von Nals über Prissian. Erstmalig wurden die Herren von Wehrburg-Andrian im Jahre 1229 genannt. Das Schloss wurde im 13.Jahrhundert erbaut und nachdem die Grafen von Eppan-Ulten ausgestorben waren, fiel die Wehrburg an das Hochstift Trient. Dort wurden sie in kriegerische Kämpfe mit Graf Meinhard II. von Görtz-Tirol verwickelt. Im Jahre 1332 heiratete die Tochter Heinrich von Werberchs Eghard Murenteiner von Andrian. Dadurch erhielt dieser Besitzanteile an der Wehrburg. Im Anschluss gab es Streitigkeiten um das Erbe, allerdings erhielt Jakob Murenteiner im Jahr 1411 das Lehen an der Wehrburg. Seit diesem Jahr trug die Wehrburg den Namen Andrian-Werburg.

Um 1520 erfolgte der einzige erwähnenswerte Umbau des Schlosses. Die unteren Geschosse blieben allesamt in ihrer ursprünglichen Form erhalten und erinnern so an vergangene Zeiten. Im selben Jahr stiftete Hans Veit von Andrian-Werburg zwei mit Wappen geschmückte Glasfenster für die Tisenser Maria-Himmelfahrts-Kirche. Zum damaligen Besitz der Wehrburg gehörten mehrere Gutshöfe, unter anderem die Burg Wolfsthurn in Andrian, das Schenkengut in Terlan sowie der Mayrhof am Thurn, die Fahlburg und der Kemathof. Im Jahre 1587 starb Erasmus von Andrian-Werburg und der Besitz wurde an die Erben verteilt. Die Schlosskapelle der Wehrburg wurde im 15. Jahrhundert erbaut und im 17. Jahrhundert umgebaut. Sie ist dem heiligen Erasmus geweiht und hat ein beeindruckendes Fresko, sowie eine qualitätvolle Pieta aus der Zeit um 1420. Als im Jahr 1798 die Wehrburger Linie ausstarb, wurde das Lehensgut eingezogen und fiel der landesfürstlichen Kammer zu. Die in der Zwischenzeit heruntergekommene Burg gelangte in den Besitz von Bauern, und wurde immer weiter heruntergewirtschaftet.

Erst als 1898 der Kämmerer und Gesandte Adalbert Freiherr Eperjesy von Szászváros und Tóti, die Wehrburg erwarb änderte sich dies. Adalbert Freiherr Eperjesy von Szászváros und Tóti sorgte dafür, dass die Räume des Schlosses wieder bewohnbar wurden. Außerdem stattete er die Wehrburg mit sechs alten Kachelöfen aus. Diese aus dem 16. bis 19.Jahrhundert stammenden Kachelöfen sind noch heute in der Wehrburg erhalten. Die Frau des Freiherrn restaurierte die Wandmalereien und überzog diese mit Lack. Eine Antiquitätensammlung, die sich im Schloss befand, wurde nach dem Tod des Barons im Jahr 1916 aufgelöst. Nach verschiedenen Besitzwechseln kaufte 1927 der britische Oberst Arthur Rudston Brown das Schloss Wehrburg. 1957 kaufte Hermann Holzner die Wehrburg und baute diese zu einem Schlosshotel um. Dabei legte er sehr großen Wert auf eine Kombination aus Komfort und der Beibehaltung des mittelalterlichen Charakters. Jahrelang war die Wehrburg im Besitz von Jakob und Christine Holzner welche die Wehrburg so wunderbar umgebaut und liebevoll geführt haben. Ihr Erbe durfte 2020 ich, die Nichte Julia  Holzner mit Ihrem Mann Manuel Wanker übernehmen, welches wir voller Freunde und Ehre weiterführen bis unser Sohn Jakob vielleicht die selbe Passion für die Burg von uns übernimmt!